《柯南，好想永远和你在一起，可是我们没有机会了吧》·一

第一部分：江户川文代二度现身

江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用**控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！

柯南在慌张中还是利用**射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。

与此同时Ｇｉｎ从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Ｇｉｎ押上了车。

而Ｇｉｎ在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。

在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。

第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！

柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。

但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。